フルflashのサイトはSEOに不向きと言えますが、ページの一部にflashを配置することは、特に問題はありません。
検索エンジンは、画像やflashを含めた動画などの内容を読み取ることができません。画像のリンクよりもアンカーテキストによりリンクの方がSEO効果が高いように、画像や動画よりもテキスト量が沢山ある方が検索エンジンから評価を受ける可能性が高くなっています。
大手企業のように会社名で検索されるようなサイトであれば、flashを多用し企業イメージを上げ、売上に貢献するホームページを作っても良いでしょうが、中小企業サイトでflashは必要ないでしょう。
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